<STORY>
ユリウス・カエサルがクレオパトラ7世に贈った〝世界で最も美しいジュエリー“・・・〈光の首飾り〉に〈真紅のルビー〉を埋め込んだ究極の宝物・・・【クリムゾン・ハート】。それはかつて何者かによって盗み出され、以来、歴史の闇に消え去った。
そして現代。ルビーと首飾りそれぞれの所有者=東洋・西洋を代表する2人の大富豪が互いの秘宝を狙い合っていた。アジアの闇社会を牛耳るMr.プラムックと、かつて怪盗ルパンの相棒として名を馳せた老盗賊・ドーソン。インターポールの銭形警部は、世界中の泥棒たちがドーソンの邸宅に集合するという情報を入手。その場で、大盗賊団=ザ・ワークスの次期リーダーが発表されるらしい。
次々集まる泥棒たちの中には、国際指名手配犯・ルパン三世の姿もあった。ドーソンは旧友の孫であるルパンをリーダーに推すつもりなのだ。この会合を狙ったプラムックは、ルパンをライバル視するマイケル・リーを操って、ドーソン暗殺に成功。首飾りを手に入れて、ついに【クリムゾン・ハート】を完成させた。ドーソンの遺志を継ぎ、秘宝奪還を誓うルパン。
秘宝のありかは、地図に載らない絶海の孤島にあり、地雷原と武装兵によって守られる難攻不落の要塞型セキュリティシステム―その名も【方舟(ジ・アーク)】ルパン三世は、次元大介、峰不二子、石川五エ門とともに、この「絶対不可能」なミッションに挑む!